京大屠杀江东门集体屠杀遗址和遇难者丛葬地。为悼念遇难者，南京人民政府于1985年建成这座纪念馆，1995年又进行了扩建。纪念馆占地面积3万平方米，建筑面积5千平方米
建筑物采用灰白色大理石垒砌而成，气势恢宏，庄严肃穆，是一处以史料、文物、建筑、雕塑、影视等综合手法，全面展示“南京大屠杀”特大惨案的专史陈列馆。该馆正大门左侧镌刻着邓小平手书的“侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆”馆名。陈列分广场陈列、遗骨陈列、史料陈列三大部分。广场陈列由悼念广场、祭奠广场、墓地广场等3个外景陈列场所组成。其中悼念广场内有外形如十字架，上部刻南京大屠杀事件发生的时间的标志碑、“倒下的300000人”的抽象雕塑、“古城的灾难”大型组合雕塑及和平鸽等部分组成。祭奠广场有刻有馆名的纪念石壁、郁郁葱葱的松柏和用中英日三国文字镌刻的“遇难者300000”的石壁。墓地广场有鹅卵石、枯树和沿院断垣残壁上的三组大型灰色石刻浮雕及院内道路两旁的17块小型碑雕，部分地记载着南京大屠杀的主要遗址、史实，这是全市各处集体屠杀所立遇难者纪念碑缩影和集中陈列，还有大型石雕母亲像、遇难者名单墙、赎罪碑、绿树、草坪等诸多景观，构成了生与死、悲与愤为主题的纪念性墓地的凄惨景象
遗骨陈列有外形为棺椁状的遗骨陈列室，这里陈列着该馆1985年建馆时，从纪念馆所在地的江东门“万人坑”中挖出的部分遇难者遗骨。1998年4月以后，又从该馆所在地的江东门“万人坑”内新发掘出208具遇难者遗骨（表层土层中），这批万人坑遗骨经过法医学、医学、考古学、历史学者的严格鉴定，被确认为南京大屠杀遇难者遗骨，是侵华日军南京大屠杀暴行的铁证。
侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆现为正县级事业单位，隶属于南京市委宣传部，馆内设立一室四部五个部门，即办公室、资料陈列部、展览工作部、人事财务部、技术设备部。侵华日军南京大屠杀史研究会（下辖“日本历史教科书问题研究分会”）挂靠该馆。馆里设立党支部。多年来，特别是近几年来，该馆围绕场馆建设做了不懈努力，并在硬件环境改造建设、文物资料征集研究、对外宣传扩大影响、队伍建设提高素质等方面取得了明显效果
随着对南京大屠杀事件的广泛宣传，该馆在国内外的影响日益扩大，很多国内外的游客都慕名前来参观和凭吊。他们普遍反映，波兰奥斯维辛集中营及日本广岛原爆纪念馆，均被列入世界文化保护遗产，而同样作为二战中世界三大惨案之一的侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，也要按照世界文化保护遗产的要求来规划和发展。全国、省、市政协委员也分别就加强该馆基本建设，在全国、江苏省和南京市政协会议上有过多次提案，均提出按世界文化保护遗产的规模来规划与建设。目前，该场馆扩建和申报世界文化遗产工作正在积极议定之中
日军攻占南京后，松井石根再次下达了对城内进行“扫荡”的屠杀令，日军各级指挥官也纷纷下达了屠杀令。诚如当时德国驻南京大使馆对国内的报告所言：“犯罪的不是这个或那个日本人，而是整个日本皇军。……它是一架正在开动的兽性机器”。日军在南京下关江边、草鞋峡、煤炭港、上新河、燕子矶、汉中门外、中华门外花神庙等地制造了多起集体屠杀事件，还实行了无时不有、无处不见的分散屠杀。无论城外还是城内，无论主要干道还是偏僻小巷，无论军政机关还是居民住宅，都成了日军肆虐场所。日军连寺庙庵观也不放过。屠杀之后，日军又采用抛尸入江、火化焚烧、集中掩埋等手段，毁尸灭迹。霎时，南京城内外，尸横街巷，焦骸遍野，河渠尽赤，滚滚长江里漂浮着无数的冤魂。据调查统计，被日军集体屠杀的达19万人以上，零散屠杀的达15万多人，总计被害人数达30万人以上 
