公元前209年，东胡被匈奴族击败，属匈奴左贤王辖地。隋唐时，室韦及室韦都督府进行管辖。辽代，由乌古敌烈统军司辖。金代，归东北路招讨司辖。成吉思汗统一蒙古草原后，右翼万户长木华黎统治，后为哈布图·哈萨尔封地，元代归岭北行省和林路辖。明朝时，特古斯铁木尔辖游牧地。后置海喇儿千户所等所辖。清朝雍正十二年（1734），清廷自愿入籍的喀尔喀蒙古军臣汗部（今属蒙古国境内）巴尔虎兵丁2 984人移住呼伦贝尔地区，按索伦兵制，将其中2 400人编为40佐，分隶左右两翼八旗，并任命左右翼总管和副总管。内分四旗，是军政合一的纯游牧旗，两翼放牧地大体在乌尔逊河和呼伦湖两岸。为区别于前两年移住呼伦贝尔地区的巴尔虎蒙古部，新移此地者称新巴尔虎，前移者称陈巴尔虎。由清政府军政处派统领一员进行统辖。
清乾隆八年（1743），清政府停止派统领，由1名副都统总管坐镇呼伦贝尔，归黑龙江将军统辖。新巴尔虎左翼缩建成12个佐，镶黄、镶白两旗住牧在北部，正白旗住牧在中部，正蓝旗住牧在南部。镶黄、正白两旗为一个合旗，设副总管；镶白、正蓝两旗为一个合旗，设一名副总管。
清光绪六年（1880），改副都统衔总管为副都统。
清光绪三十四年（1908），裁撤呼伦贝尔副都统，该设兵备道加参领衔，兼辖旗务。
1915年，属呼伦贝尔“特别区域”辖。1920年，撤消“特别区域”，新巴尔虎左翼归呼伦贝尔副都统管辖。
1927年，新巴尔虎左翼四旗总管额尔钦巴图将总管衙门定居于正白旗头佐游牧地沙赉特氏人祭祀的“十三敖包”（今阿木古郎镇），结束了近200年的游牧式办公生活。
东北沦陷后，1932年，新巴尔虎左翼四旗合并称新巴尔虎左翼旗，任命原左翼四旗总管为伪旗长，并在原总管衙门的基础上组建旗公署。
1945年，属呼伦贝尔地方自治政府辖。
1948年，随同呼伦贝尔盟（以下简称呼盟）隶属内蒙古自治区（以下简称自治区）。
1949年，归呼伦贝尔纳文慕仁盟管辖。
1950年，改新巴尔虎左翼旗为新巴尔虎左翼旗人民政府。
1953年，属自治区东部行政公署辖旗。
1957年，新巴尔虎左翼旗人民政府改城新巴尔虎左翼旗人民委员会。
1958年，全旗各苏木建立人民公社，有2镇9个人民公社，4个牧场。
1959年，国务院批准新巴尔虎左翼旗更名为新巴尔虎左旗。
1968年，成立新左旗革命委员会，各人民公社（镇）相继成立革命委员会。
1969年，新左旗随同呼盟划归黑龙江省管辖。
1979年，新左旗随同呼盟划归内蒙古自治区建制。
1980年，撤消新左旗革命委员会，改称旗人民政府至今。各苏木（镇）相继改称公社管理委员会，1984年，相继改称苏木（镇）人民政府，共有11个苏木、2个镇、1个国营牧场。
1997年，新巴尔虎左旗面积1 793平方千米，辖：阿木古郎镇、嵯岗镇、吉布胡郎图苏木、新宝力格东苏木、新宝力格西苏木、巴音塔拉苏木、阿木古郎宝力格苏木、嘎拉布尔苏木、乌布尔宝力格苏木、阿拉坦哈达苏木、诺门罕布日德苏木、塔日根诺尔苏木、新宝力格苏木。旗政府驻阿木古郎镇。
2000年，新巴尔虎左旗面积22 000平方千米，人口4.0万，蒙古族占72%，辖2个镇、11个苏木。 根据第五次人口普查数据：全旗总人口41647人，其中：阿木古郎镇 13743、嵯岗镇 3309、塔日根诺尔苏木 1441、巴音塔拉苏木 1606、阿木古郎宝力格苏木 1394、新宝力格苏木 1220、新宝力格东苏木 2507、新宝力格西苏木 1564、乌布尔宝力格苏木 4519、吉布胡郎图苏木 3225、嘎拉布尔苏木 2007、阿拉坦哈达苏木 724、诺门罕布日德苏木 987、嵯岗牧场虚拟镇 3401。
