灵山寺是保国寺的前身。保国寺位于的山叫灵山，相传在东汉世祖时，骠骑将军张意和他的儿子中书郎张齐芳隐居此山。此山又名骠骑山。《四明谈助》记载“山之西，峰
可恭回到明州的时间正好是唐广明元年秋九月。随后便“庀材鸠工，重新殿宇，营构有槐林之柱，罘罳绝布网之尘，巧夺公输，功侔造化。”而同年十一月黄巢起义军还是占领了长安，逼唐僖宗逃亡入蜀。“保国”两字最终没有给唐僖宗带来保佑
嘉庆《寺志》序中写道 “此古寺志得之古石佛中，文多残缺，恐久而失。重加编辑……”我认为，这些文字不足为信。倒是雍正碑具有很高的参考价值。雍正碑记载：“宋明道间，中兴祖赐号德贤尊者，无可考核，不亦悲夫！
1970年修大殿，由于采用北方一套施工方案，即先在望板上涂桐油，上盖油毛毡，再铺一层厚的桐油石灰，其上覆盖板瓦和筒瓦，并于筒瓦表面涂上沥青。由于瓦陇不严密，雨天雨水从瓦陇两侧渗进，又由于桐油石灰加工粗糙，象是海绵体，渗进的雨水全部吸收。结果造成雨天不漏，晴天滴水的现象。完工后不到两年，屋面全部渗漏，望板、椽子等霉烂80%以上。
1975年4月，由于整座大殿已往北倾斜，导致在扶脊木、上平槫、中平槫、下平槫、牛脊槫等部位的椽子都严重脱位；西北次间后檐柱与内柱之间的乳栿脱开7公分；补间铺作和柱头铺作逐级向北歪斜；转角铺作也逐级向外歪斜，许多构件脱位。此次维修，对上述构件作了拉正归位。屋面有些清代换上的木构件，由于糟朽严重，作了更新或局部接新，压在扶脊木、上平槫、中平槫、下平槫、牛脊槫上的椀木全部换新；下平槫西向的一段糟朽2.8公尺接新；东北角原有的两根昂，都不是整根木料，而是用两根木料衔接起来的。衔接榫头年久失修，再加上屋架倾斜位移，衔接处严重脱节翘起，此次重做榫头，并对两根木材并合部位用环氧树脂粘合。此外，对于屋面部分，东北角和西北角的戗脊也做了更新。 此次维修工程从 1975年5月10日开工到2014年12月底完工。
保国寺是我国江南保存最完好的北宋木结构建筑，是国务院公布的第一批全国重点文保单位。大雄宝殿建筑
其实大殿是有梁的，不过被藻井、天花等挡住罢了。另一方面跟供奉过的无量寿佛——谐音有关。大殿在建筑上有其独到之处：1.平面布置进深大于面阔，呈纵长方形；2.在前槽天花板上绝妙地安置了三个镂空藻井；3.采用了复杂的斗栱结构，斗栱与昂都用榫卯巧妙衔接在一起，不用一枚钉子，整座大殿稳巧有致，有很好的防风抗震能力；4.柱子的设计更是别具匠心，外观呈瓜棱状，柱心四根小柱拼合，外面再包镶四瓣木条，既节约木材，又不影响牢固，且外形美观。柱身有明显侧脚。5.不对称。大殿佛台西侧柱头上为方形木质栌斗，而东侧柱头上却为圆形石质栌斗；斗栱里转跳东侧为四跳，而西侧为五跳。 保国寺大殿在建筑上有很高的历史、艺术和科学价值，是宋《营造法式》的典型实例，反映了当时建筑上的独特风格和力学研究上达到的高水平。所以，在《保国寺志》中记有不少前人题咏：“山岙藏得古招提，宫殿岿然结构奇”，“升斗昂栱人巧极，祥符千载永留名”。赞叹大殿在结构上的雄伟新奇。 
