据《史记》记载，这道菜最早起源于魏晋时期,北宋时进入皇宫，兴盛于明清，从两宋到明清，各部大人都以能吃上一回骨酥鱼为至高荣耀；历朝历代作为时代饮食旗帜，莫过于宫廷的饮食；宋代宫廷一改唐代宫廷饮食“紫驼之峰出翠釜，水精之盘行素鳞”这种夸张杜撰大于现实的作风，不仅留下了确切的御宴宫廷菜品明细，甚至还有着流传至今的原料及做法，从那些充满浓浓生活气息的记录上，流传着一个有趣的习俗，两宋皇宫“御厨止用羊肉”，原则上“不登彘（猪）肉”。
据记载，宋太祖宴请吴越国君主钱俶的第一道菜是“旋鮓”，即用羊肉制成；而仁宗禁止宫廷为半夜饥饿时进贡上“烧羊”，所以羊肉是宋代的宫廷食材用量上的至尊，当时陕西冯翊县出产的羊肉，时称’膏嫩第一”；宋真宗时，“御厨岁费羊数万口”，就是买于陕西，而随着王朝的传续，宋代宫廷这种嗜吃羊肉为主要肉类的习俗，有增无减，大致在宋仁宗、英宗时，“朝廷从河北榷场买契丹羊数万”，而神宗时代御厨帐本上更“吓煞人”般记录一年中“羊肉四十三万四千四百六十三斤四两，常支羊羔儿一十九口，猪肉四千一百三十一”，这里尽管记载着有少量的猪肉支出，但绝大部分的猪肉是上了“看碟”和配菜之列。
北宋皇宫这一饮食习惯甚至立都杭州的南宋都得以传承，宋高宗都傲气地表示宫中主用羊肉，不用猪肉乃祖宗习俗，即使到南宋孝宗时，皇后“中宫内膳，日供一羊”，纵是因为地处南方，产羊不多，剩下的食料也是用南方特长的鱼虾水产来替补，而绝非猪肉，既然已鱼虾水产来替补，宫廷御厨想尽千方百计为各位皇宫贵族调理膳食，鱼类作为首选，为了让各位皇宫贵族食鱼而不卡刺，各位御厨通过各种杂记找到了骨酥鱼的做法，通过完善调味，最终做出了千年一绝的骨酥鱼，宋高宗食后大为赞赏，并赐名为“宋皇探艺骨酥鱼”，这种骨酥鱼以“骨酥味绝、滋补保健”著称，其做法采用宫廷秘方并辅以28种名贵中药材和做鱼专用砂锅文火煨制而成，配方奇秘，器具独特，鱼的“酥骨提香”工艺及神秘配方，不仅做鱼时隔街闻香，而且料的营养和味道能渗透到每一根骨刺，看起来是一条完整的鱼，但骨酥鱼吃起来却骨酥刺烂，鱼肉鲜香，从头吃到尾，从刺吃到骨，不扎嘴不刺喉
