吉祥萨迦教派所传的显密教法多至不可计数。即使是《四咒密续部灌顶》及《续部经讲解》、《要门教授》等实修事相等修习法亦难尽述。据擦尔派系所说，即为：三类《空行法》、三类《大红法》、三类《小红法》、《无死金刚天女法》、《红财神法》、《狮面母法》、《黑色文殊法》等十三种，加上《狮子吼法》，又被人们称为龙者十四种金法，此外还有《金刚灌顶》、《成就法大海》等总论和别论；圣者传规和智慧弟子传规的《集密法》、《时轮法》、《四种喜金刚口传教法》、卢那直三传规的《驴面胜乐法》，红、黑、怖畏三种新译《闰摩敌法》，旧译父法《真实语法》及《金刚橛法》、《宝帐明王法》及《四面明王法》、《尸林主法》、《贝孜护法修法》、《金刚橛护法类》等，各种护法教法多至不可细数。
萨迦派的最精要之处，则是被称为教语珍宝的《道果法》，其中的正行部分，有喜金刚二次第及其分分支等类的修习次第。在讲论三相道时，亦具有完备的道次第，是显密兼摄，完满具足，而无谬误之道。
萨迦派的不共之见地（即特别地见地）是《道果法》的见地。是修明空无执，或生死涅槃无别的见地。关于此见地的立论，有显密两种分别，显教又分随顺龙树派教授和随顺弥勒派教授二支。
显教随龙树派教授而修习道果法方面的立论：首应破非福，中则破我执，后破一切见，知此为智人。按以上所说，可分为三次第：初修生死过患，认识轮回之苦，以暇满难得、业果、慈悲等法而破除对轮回的贪念执着；中则破我执；后破一切见。在破一切见方面又分为二类，即断实执戏论与断无实戏论。
显教随弥勒派教授而修习道果法方面的立论：先应了知基位的智慧勇识，本性光明，这是生死轮回、涅槃二者的根本，如对其不认知，会造成二取迷乱，遂引起二现的错乱及随眠等。这是生死轮回的根本原因，即所谓俱生无明。因此应断除造成无明的根本原因而融归法界。此断除二取的迷乱又分为两类。首先是断除所取执的迷乱，其中有：寻觅暖位明相三摩地、寻觅顶位增项三摩地、寻觅忍位得相三摩地。其次，主要是断除能取快的迷现。在此基础上再努力修习，则生其光明如同自心一般的觉悟体验，此名为世间第一法无间三摩地。那时俱生光明虽未清净，然而由俱生无明所起的二取迷乱，则大半清净，能够出现光明，全无所难地生起见道初地智慧。又再进修，则能清净二取地分别所依地俱生无明、随眠种子等，使现行清净。此双离能使自心、本性光明，直接清楚地升起，犹如现见，如是智慧亦亦并得生起。明、增、得三位得现见错谬皆归破灭，其能对治的明、增、得三位得明相次第显现，是为加行道三位。然后俱生无明现行的粗分亦归去除，正大光明，是为世间第一殊胜法位。如是观修到最末，若清净一份俱生无明及其种子等，就能明见自心一份。此名为新地见道位。此后于十地位中各断一份能障自心明一份，其明相亦逐步趋大，到十一地成佛果时，则名为全无所障地明见二种清净之心得自性光明。
密教见方面的立论：于此欲求生起觉验，先须认识所依之心。最初觅得此心，指点此心为明空双运，次于明空双运中将本元俱生智慧之行认为指体。乃观其义而修习。心不为迷乱走失，所现皆成智慧妙用，纵有迷观，然猛力忆念正见，亦可焕然冰释，此是使一切迷相悉现为智相之法，它是极密地对徒众讲授之见。
又觅心之法，摄心内见，则于噶举派觅心之法相似。观心在于何处，作何色状，如是寻觅，见其了无可得，但仅就在世俗名言中认识此心是唯明、唯觉、唯动，清清楚楚的觉知感受而已，是悟证心德三分之一。若更难求，则可了悟内心离生住灭，自体本空，此则名为空心之自性，是悟证心德三分之二。如是体验空性之时，又非全无所有如虚空之断空，而是唯明唯觉，一切无不明了显现。若凝观此事，又全无自性可得，则可决定其为性空。如是明空虽二，但不是各自孤立，心的自性本空，而寻觅空者的所有动分其相则为明，因而明之时为空。即空之时为明，觉定此自然生起的明空双运，亦名为双运的截定。对此不但闻解若能真实生起觉验时，则所现皆能转成生死涅槃不二的妙用。如是觉验生起之时，则名为本分天真的心性，是悟证明空双运心德之全分，以上次第名为共同的指点。
其不共同者，则直至本元俱生智，此智非泛指唯认识总相的自心及迷现之心。而是要认识在因位时的明空双运，远离迷乱之心。此于显密经论中，名叫清净心、如来藏、本性光明心、心金刚等。亦名为因住阿赖耶，自心所现迷乱的俱生之心，则为新生轮回，是它的所净，也是它的自性，此与本心无始以来即为助伴，从前未能认识此俱生智则是涅槃，此二者从本性上不可分别，是为无。如是故名因位生死涅槃无别。若能契会远离能二取的自心，平等住于明空双运之见，此则承认其名为道位生死涅槃无别。
修习此见，有三要素，即成境为心，成心为幻，成幻为无自性。
或境为心者，一切境相唯由无明损害自心所起迷现，合无实有，依于教谕二门抉择其理而串修之，则得境相为心之决定。应明空双运之见上不起执着，安住于明而不混，如是则能决定外境为心，通达外所现境无实，此仅是与唯识真相派之见解相等，它能使自性的明分坚固而引生利益。
成心为幻者，所取的外境界，是能取之心为迷乱所损害而起的迷现，所取即不可得，则能取之心亦不可得，依于教喻二门抉择其理而串修之。使自性的空分坚固而引生利益。如是虽已悟证到能所二取迷乱之分为无实有，若于二取的明空内心不断实执，此仅与唯识假相派之见解相等，此见解较前更能引生利益。
成幻为无自性者，有二类：
第一，由缘起门而成幻者，一起能所二取，虽非实有，若除此之外别有一法，可能成为实有，此想非理。一切诸法自性非有，因有为法，待缘起而故，无实可成。亦待有为而安立，或由谛实空的空分上安名为无为，除此之外，别无实有得。龙树有言“有为极不成，于何成无为”，故由此缘起道理，证成一切法无自性。此外还应思维正数量及讽诵、灯、镜、网等比喻之义，对一起诸法实空，由闻思力解除疑虑。对修持中所生验证，此则名为同显中观之见。如上所说实空，若证验到它与本元俱生心的明空共同双运时，此名为生死涅槃无别之见。这是以缘起为因，离支断常二边的殊胜中观妙道。
第二，由离言而成者，依上面所说作为观修。印定外镜为心，印定心相为幻，印定幻为缘起，于现似相违之诸法，而觉受其不成相违生起决定，谓“彼所生之自性，即是如此”，因为如实不能诠说，故仅安名为离言说。以不可言说，故心不能思其义，无能修所修，故亦无有缘可修；无能见所观，故不能以智慧得见；无能见所见，故视之亦无可见者；无能解脱和所解脱，故实无解脱可得。然不说则不了其言，不思则不解其义，不修则不得证验，不观则不见实相，不解脱则不能成菩提，那么怎么会通呢？答曰：若就胜义本性实际，虽不现起能知所知二法并出，但在世俗名言中仅说不可言说一语，便能生起解会。因为本性之义虽其自身不可言说，然可以依甚深了义经教及上师教授，得到决定，能了悟心性不二妙智为本元实相。谓不可思而思，由思得明者，因思维此离言说义，无有能思所思得虚妄分别，即能对不可思议法界生起定解故。谓不可修而修，由修而得证验者，因修离去能修所修而修之，即此便是修真实法中之最上者之故。谓不可观而观，由观而得见者，因观实相本分无有能见所观，即此便是观中最胜之故。谓不可能解脱而证悟解脱者，因实相之中没有束缚，即此便悟到没有缚既是解脱之故。如是了知，则于无佛处而可成佛，因自心实像，从本以来，就是无外可得，仅就此熄灭一切戏论之相所显妙智，安名谓佛，若就胜义而言，实无佛可得之故。
若然，云何成就饶益众生之事？答曰：就胜义而言，本无众生可得，因义无有利生之事。但就世俗而言，犹如如意宝珠，随欲能出众宝，由于大悲愿力，虽无妄想分别，亦能任运而利益有情之故。
就此问题，萨迦 ? 班智达曾说：“诸法本无生，即生亦无生，无生亦现生，故生和无生，分别无分别。现有与空性，轮回及涅槃，若于皆无可差别，从无别起别，若知别所别，悟圣凡实性，识诸所知性，辨诸善恶性，证无可证义，脱无缚心性，知无所知境，善说无言义，无欲所成欲，能造诸所知，即为众法王。”若抉择上说诸义，则如至尊上师宝（rje-btsun-rin-po-che）说：“第三之二释离言，孩童微笑哑者梦，搔及要处根起乐，第三智灌密等到，广大受用坛场轮。”这是依次宣说用四共喻及四不共喻，由八喻而行指点得方法。依以上前四喻则可悟到一切诸法是唯心、唯幻、唯无自性。此虽除时所断之无明害毒，然未除生死苦恼根本，即勤策庸常妄想续注之诸毒，故此名为因位有毒之见，因此仅是通达外境所安立之间，若依离言以后得诸喻，从此所生灌顶和二种次第所起得无过妙智，才能拔出策励妄想流注之诸毒，故此名为道位无毒之见。因能诠表实事智，故亦应名为能诠譬喻智。此乃就觉受三摩地而立之见。其所讲说之义便如此。按其立因位之见，似尚未达中观应成只见，仅为中观唯识共同之见，此派似以道位之见安立为至高而超胜之见。
吉祥萨迦派所承认的生死涅槃无别得正见立论大概便是如此，以上萨迦教派之历史是根据《土观宗教源流》和俄钦 ? 贡却伦珠（ngor-chen-dkon-mchog-lhun-grub）的《宗教源流一大海之舟》（chos-vbyung-bstan-pavi-rgya-mtshor-vjug-pavi-gru-chen）而编撰的。
萨迦派最初信奉藏传佛教旧密法，后顺应历史发展，借鉴当时教律最严、威信最高的噶当派教义，改旧宗而信奉新译密法。而后在显教中观等理论方面而且在密教教理及其修行方面都有丰硕著述，萨迦教派以其众多密宗修行仪轨及其传承，以及生死涅槃无别的佛我同一教理至今仍左右着藏传佛教各个现世流派。萨迦教派的密宗思想既系统又正规，理论典籍丰富且全面。在其他教派中被广泛借鉴。比如格鲁派的密教修行中非常流行的“那若空行母密法”即萨迦派不出寺庙的十三金法之一。三世达赖喇嘛索南嘉措也曾从萨迦派擦钦修习“宝帐明王”教法仪轨和教诫。五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措也依从擦钦 ? 罗赛嘉措的后辈成就者索南却丹，修习“擦派道果经”和“十三金法”以及“大小怙主明王诸教诫”。可见萨迦派“金法”及其诸多教诫流行于格鲁派等藏传佛教教派，影响深厚。
而且不止宗教思想方面的影响。文化观念方面，萨迦派也为藏地传统文化做出了极大的贡献。萨班 ? 贡嘎坚赞在其巨著《行文规则》、《智者入门》和《口剑轮》等作品中对语言学方面的系列问题进行了详细阐述，很多观点及方法对研究现代语言和解决语言难题方面仍有很大帮助。因明学方面，萨迦派的二祖索南孜摩（slob-dpon-bsod-nams-rtse-mo）从小便前往桑普寺依止该寺第四任堪布恰巴却吉僧格（phya-pa-chos-kyi-seng-ge）学习因明等佛学长达十一年，培养了许多这方面的弟子；萨班 ? 贡嘎坚赞也全面深入的研究佛教因明和外道因明学，最后著作了《正理藏论》，对认识对象现前分和隐蔽分，认识方法现量和比量都做了系统的阐述，是第一部以藏族思维方式著写的因明巨著。而八思巴法王的上师俄尤巴索南桑格的因明学巨著《正理之海》对藏族因明学形成和发展的影响也不容忽视，连宗喀巴大师都赞叹不已。在文学方面，萨班 ? 贡嘎坚赞所著的《萨迦格言》极具代表性。如《格丹格言》《木格言》《水格言》都是萨迦格言的模仿。而在八思巴法王主持下编纂的《诗镜论》作为已经藏化了的文学理论，至今在各民族院校藏文专业中作为主课来教学。
萨迦教派缘起于昆 ? 贡却杰布（vkhon-dkon-mchog-rgyal-po）。昆 ? 贡却杰布心性善良，精通相地术、法典、密咒、性相学等。有一次他被卓氏迎请到止仓（vbri-mtshams）地方主持为生者消除罪孽的宗教活动时候，目睹那里有接连数日的游艺、演出等。其中看到许多咒师戴着二十八尊勇士女的面具、手持法器、以狮神勇猛的状态市街上跳舞，非常精彩。回来后向他的上师和兄长昆 ? 西饶楚臣（vbhon-rog-shes-rab-tshl-khrims）讲述了上述情况。兄长回答说现如今已经到了密乘衰颓之时。以后如果仍然依照藏地的旧密学法和修行。则不可能得到很正规的成就了。我们现有的佛法要作为伏藏深藏起来。我已经年迈，你还年幼。现在芒卡儿怒古隆（ mang-mkhar-myu-gu-hung ）地方有名叫卓弥 ? 释迦益西的大译师，此人学识渊博。你可以到他那里去学习新译的佛法。于是昆 ? 贡却杰布便受命前往芒卡儿怒古隆拜见了卓弥 ? 释迦益西，并与之结成了师徒关系。从此开创了萨迦派的教法。昆 ? 贡却杰布师从卓弥 ? 释迦益西那里学通了新译密乘。又依止贵 ? 库巴拉载、克什米尔的杭欧噶布班智达、冯 ? 仁钦乔、金巴等译师大德。在雅隆曲甲尔学习了数年时间。。并在窝扎隆巴的地方兴建了后来称之为萨迦果波的寺庙。数年之后，在眺望本布山的时候，发现本布山体右侧有一处山崖洁白而润泽，形同狮子奋起。还有仲曲河水从右环绕而长流不断。四面又有八瑞像、七政宝（金轮宝、神珠宝、王后宝、大臣宝、白象宝、骏马宝、将军宝）形状的群山所环绕。地形非常完美。于是在公元一千零七十三年，昆 ? 贡却杰布四十岁的时候，在白土山崖的中部建造了萨迦寺，自此成立了萨迦派。这个教派主要由昆氏家族世袭，涌现了无数个佛学大家和佛法成就大德。其教法不断得到弘扬发展，后来萨迦派又由弟子分出了俄、宗、擦（ngor、rdzong、tshar）三支。俄尔钦 ? 多吉强 ? 贡嘎桑布（ngor-chen-rdo-rje-vchang-kun-dgav-bzang-po）为达钦细脱巴 ? 贡嘎仁钦（bdag-chen-bzhi-thog-pa-kun-dgav-rin-chen）之子，生于公元一三八二年。他成为夏钦 ? 益西坚赞的主要心传弟子。于公元一四二九年建造俄尔艾旺曲丹寺。后来又从大成就者布达巴学习《道果》（lam-vbars）。他传出的教法传承称为萨迦派的俄尔支派（ngor-lugs）。
1270年，八思巴第二次向忽必烈授予密宗灌顶。由于八思巴为元朝中央创制新文字，为元朝皇帝授予神圣灌顶，深得元朝皇帝器重。忽必烈晋升八思巴为帝师，并更赐玉印。封号全称为「普天之下，大地之上，西天佛子，化身佛陀，创制文字，护持国政，精通五明班智达八思巴帝师」，又称帝师大宝法王，简称帝师。
1276年，八思巴从大都抵达萨迦寺，此次八思巴返藏，由太子真金护送，在途中专为真金著述并讲授了《彰所知论》，此经有汉译本，收录在大藏经中。
1277年，八思巴在后藏的曲弥仁摩地方（纳塘寺附近），举行聚集七万僧众的盛大法会，史称「曲弥法会」。
1280年，八思巴在萨迦寺拉康拉章英年早逝，享年46岁。八思巴在萨迦寺圆寂后，忽必烈又赐封号为「皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王西天佛子大元帝师」。
1320年，元仁宗下诏，在全国各路建造八思巴帝师殿，以此永远纪念这位功臣。八思巴在世任国师或帝师期间，除了推动藏族地区的政治经济文化全面发展之外，为元朝的稳定、发展以及全国各民族间的团结和文化交流，均作出过巨大贡献。八思巴去世后，元朝中央的帝师制没有改变，帝师职位一直由萨迦派高僧继任而延续。如八思巴后由其弟仁钦坚赞担任帝师，之后，由八思巴的侄子达玛帕拉热噶斯塔任帝师，其后帝师由益西仁钦担任，总共产生十几位帝师，随著元朝的灭亡而终止帝师制。
1264年，忽必烈迁都大都（今北京），在中央政权内设置总制院，掌管全国佛教和藏族地区事务，又命八思巴以国师的身份兼管总制院事。
八思巴十岁左右就跟随伯父萨迦 ? 班智达赴凉州与蒙古汗王谈判，幼年时期就开始接触政治，为以后的政治生涯打下了基础。八思巴十七岁时，被临终的萨迦 ? 班智达任命为自己的法位继承人，即萨迦寺主持和萨迦派教主，萨迦 ? 班智达去世后，八思巴开始担任萨迦寺主持和萨迦派教主职位，成为萨迦派第五祖。从此八思巴逐步成为既是萨迦派的教主又可代表西藏地方势力的显赫人物，因而他对西藏地方乃至元朝中央政权起过重大作用。 萨迦 ? 班智达不仅是一名博通佛学的大德，而且是一位促成西藏正式归入中国版图的重要政治人物。由于萨迦 ? 班智达在藏族地区享有崇高的声望，被当时的元朝统治阶级看中，便成为西藏与元朝中央之间建立统一关系的关键性人物。1246年，萨迦 ? 班智达应元室阔端大汗之邀请到达凉州，并同阔端大汗共同商定西藏归顺元朝中央的条件，以此奠定了元朝对西藏进行行政管理的基础。萨迦 ? 班智达在凉州向西藏各个地方势力写信，劝说他们接受条件归顺元朝。最后萨迦 ? 班智达不负重托，圆满完成西藏归顺元朝的重任，但他没能返回萨迦寺，于1251年在凉州去世，享年七十二岁。可以说，萨迦 ? 班智达将自己的一切都献给祖国统一和民族团结的最美好的事业。经过萨迦 ? 班智达的努力，西藏以和平的方式归顺元朝中央。萨迦 ? 班智达为中国的统一大业作出巨大贡献，在中国历史上具有一定的政治地位。
五祖 法王八思巴
威名普贤茗萨之化身
五浊恶世全知之美誉
拥为三界众生之怙主
法王八思巴前我顶礼
四祖 萨迦 ? 班智达
照见一切妙法慧眼广
引导诸众行善悲心大
成就无边事业具法力
文殊上师足下我顶礼
萨迦派第四祖是贡噶坚赞（1180-1251年），他是贡噶宁布最小的儿子柏钦沃波的长子，从小跟随叔叔札巴坚赞学佛习法，打下良好的佛学知识。比如，贡噶坚赞幼年时，在叔叔札巴坚赞座前受了优婆塞戒，同时广泛学习佛教文化。贡噶坚赞于1204年在他二十三岁那年，从克什米尔大师释迦室利处受了比丘戒，并学习法称的《量释论》等七因明论，以及《现观庄严论》等经论，还学习了工艺学、星象学、声律学、医学、修辞学、诗歌、歌舞等印藏文化。
因此，贡噶坚赞在藏传佛教后弘期成为一名既娴熟因明学、医药学、工艺学、声律学和佛学（包括般若、中观学、戒律学、俱舍论等显宗经典以及行、事、瑜伽和无上瑜伽密宗四续部），又精通修辞学、辞藻学、韵律学、戏剧学和星象学。当时藏族地区贯通此十个学科（一般称十明学）的学者，才能自称班智达。萨迦贡噶坚赞就获得这一称号，即萨迦 ? 班智达，从而成为第一位享誉整个藏族地区的大学者。
贡噶坚赞获得萨迦智达这一大学者称号后，印度南方的绰切噶瓦等六名外道学者，慕名前来西藏同萨迦贡噶坚赞辩论，他们当时在芒域吉仲的圣瓦第桑布寺附近的一个集市辩经十三天，最后六位印度学者败北，他们便削发出家为僧，承认自己的失败。从此萨迦 ? 班智达的名声在藏族地区更加响亮。
萨迦 ? 班智达作为一名大学者，给后人留下了丰富的佛学著作和文化论著。诸如《三律仪论》、《正理藏论》、《贤哲入门》、《乐器的论典》、《修辞学》、《声明学》、《萨迦格言》等佛学和文化经典著作。其中《三律仪论》是萨迦 ? 班智达的一部重要著作，书中判定当时佛教界存在的各种佛学观点的是非曲直，阐述自己对佛教的理解或见解，此书一直是萨迦派僧人必读的书籍之一；其次《正理藏论》是萨迦 ? 班智达以陈那的《集量论》和法称的以《量释论》为主的七部因明经典作为重要依据，并运用自己的认识论和逻辑思维体系，撰写成的一部全新的因明学著作，在藏传佛教因明学领域具有举足轻重的重要地位；另外《萨迦格言》是一部脍炙人口的格言集，其内容主要反映社会伦理和为人处世的道理，在藏族地区流传范围很广，深受藏族人民的欢迎。
三祖 扎巴坚赞
照见一切法体空
般若法音密咒海
统领金刚上师尊
扎巴坚赞我顶礼
